創世之初，至高天的天使和烈焰地獄的惡魔之間發動了一場無盡的永恆之戰。經過萬古年的殺戮，有些天使與惡魔逐漸厭倦鬥爭，另闢新的家園，在那裡和平定居下來。
他們使用世界之石這個巨大神器的無邊力量，創造了一個名為「聖休亞瑞」的新世界，並且將其隱蔽起來，不讓天堂與地獄發現。
居住在聖休亞瑞的惡魔與天使結合產下了混血的後代，叫做涅法雷姆。他們具有強大的力量，也是第一代的人類。後來，天使對於涅法雷姆與生俱來的潛能心生恐懼，於是使用世界之石削弱他們的能力。隨著世代的交替，涅法雷姆逐漸忘記深鎖在血脈中的秘密。
後來，天堂與地獄終於發現聖休亞瑞的存在，在人間爆發了慘烈的原罪之戰。雙方在僵局中同意停止聖休亞瑞的戰爭，讓人類自己面對他們的命運。然而三大罪惡之源：迪亞布羅、墨菲斯托，以及巴爾，還有烈焰地獄的惡魔領袖們，秘密策畫利用人類做為戰爭的工具。
反對這個計畫的四魔王發動叛變，擊潰地獄軍團，將罪惡之源放逐到聖休亞瑞。天堂的領袖之一，大天使泰瑞爾發現來到人世的罪惡之源，遂暗地召集一群強大的魔法師組成赫拉迪姆兄弟會，目的是追捕罪惡之源。赫拉迪姆的成員帶著靈魂石，透過儀式來禁錮罪惡之源的魂魄，將迪亞布羅、墨菲斯托以及巴爾的靈魂藏在聖休亞瑞各處。
少了罪惡之源的熒惑策動，人世間清靜了兩百年，直到李奧瑞克王選擇崔斯特姆作為他的領地。他並不知道潛伏在這座小城鎮地底下的邪惡：恐懼之王，迪亞布羅就被囚禁在這裡。
後來，禁錮迪亞布羅的緋紅靈魂石力量轉弱了，他開始操控地面上鎮民的心靈。李奧瑞克王的大臣，大主教拉撒雷茲，便在迪亞布羅的蠱惑之下將他釋放了出來。
拉撒雷茲讓他真正的主人重獲自由之後，便用盡手段讓李奧瑞克也屈服在惡魔的麾下。他說服李奧瑞克相信鄰近的國家衛斯馬屈即將兵臨城下，導致李奧瑞克王派遣最年長的王子艾丹率軍出征
拉撒雷茲接著綁架狂君最小的兒子亞貝其特做為肉身，讓迪亞布羅附身在這個小孩身上。
當迪亞布羅吸收小王子的恐懼而逐漸強大，崔斯特姆地底的惡魔也開始出沒在城鎮之間。
艾丹歸國，誓言拯救他的弟弟並淨化崔斯特姆的妖魔。各地的正義之士前來支援艾丹，其中包括來自目盲之眼修道會的弓箭手、卡基斯坦的費斯傑利法師，以及好幾名精通各式裝甲武器的強韌戰士。
崔斯特姆倖存的鎮民們幫助這些英雄。鐵匠格里斯瓦德幫忙打造並修理眾人的裝備；女巫愛德莉雅提供魔法書與藥水。赫拉迪姆的最後成員，迪卡‧凱恩用知識為他們指點迷津。
拉撒雷茲在崔斯特姆的地底下被殺身亡，艾丹挑戰附身在亞貝其特身上的迪亞布羅，將亞貝其特轉變成可怕的怪物。艾丹最終消滅了迪亞布羅的肉身…但是他無法摧毀緋紅靈魂石。艾丹害怕迪亞布羅仍會留在人間傷害無辜的人民，於是他將靈魂石嵌入前額，把迪亞布羅禁錮在自己的體內。
虛弱的艾丹回到崔斯特姆，然而城鎮的慶祝大會卻無法平撫縈繞他心頭的黑暗源頭。王子不久便動身前往東方尋找解答…還有救贖。
儘管艾丹不斷抗拒心魔的煽動，他還是逐漸屈服於迪亞布羅的最終目的：釋放出其他的罪惡之源。當艾丹旅途中經過目盲之眼修道會的弓手修道院時，體內的迪亞布羅靈魂召喚了兇惡的惡魔襲擊該處，迫使當地的居民逃離修道院。
馬略斯分不清眼前的恐怖景象，是不是鴉片抽太多所引起的幻象。後來他與艾丹一同踏上旅程，並且稱艾丹為「黑暗流浪者」。
一群想消弭黑暗的英雄聚集在倖免於難的弓箭手所建造的臨時營地。他們分別是：
來自亞瑞特山的野蠻人；來自斯寇伐斯群島的亞馬遜女戰士；信仰撒卡蘭姆的聖騎士；來自卡基斯坦的法師，以及來自東方叢林的死靈法師。
英雄們救出被惡魔囚禁的迪卡‧凱恩之後，在他的引導之下剷除修道院的惡魔，但是已經來不及抓住艾丹。
艾丹在馬略斯的陪同下來到了東方的古墓，偉大的赫拉迪姆，塔拉夏曾在那裡將禁錮著毀滅之王巴爾的琥珀靈魂石刺進胸口，犧牲性命以囚禁巴爾。
在古墓裡頭，大天使泰瑞爾與艾丹發生衝突。此時，巴爾引誘馬略斯將琥珀靈魂石從塔拉夏枯朽的遺體內取出，好將祂釋放出來。
艾丹和巴爾打敗泰瑞爾，將祂囚禁在墓穴裡。可是在那之前，大天使已經暗中囑咐馬略斯將巴爾的一片靈魂石帶到烈焰地獄，並將其摧毀。若是成功的話，便能將毀滅之王（或其他的罪惡之源）逐出聖休亞瑞。當英雄們趕到古墓的時候，馬略斯和罪惡之源早已離開。英雄們趕緊救出泰瑞爾。泰瑞爾催促他們追上馬略斯，確保他成功完成任務。
英雄們追逐巴爾與艾丹來到崔凡克，撒卡蘭姆的聖地。迪亞布羅和巴爾在那裡釋放了墨菲斯托。三大魔頭再次聚頭，展開征服人類的行動：迪亞布羅拋棄艾丹的肉身，使用傳送門回到地獄集結大軍，墨菲斯托則留在聖休亞瑞確保沒有人干擾祂的兄弟。
當英雄們抵達崔凡克，他們遭遇了墨菲斯托以及腐化的撒卡蘭姆精英。在一場艱難的混戰之中，墨菲斯托被擊敗了，留下了他的靈魂石。於是英雄們從傳送門將靈魂石帶到地獄。
英雄們來到地獄的深處，在破滅之砧上敲碎墨菲斯托的靈魂石，接著來到滿布熔岩與鮮血的褻瀆教堂追捕迪亞布羅，英雄們在這裡與恐懼之王展開惡鬥，傾盡全力對抗亙古的邪惡。在漫長激戰之後終於誅殺了迪亞布羅，祂的緋紅靈魂石最後碎裂在地獄之心。
同時，巴爾已前往北方腐化世界之石，將所有人類變成惡魔的一方。首先，毀滅之王為了避免重蹈兄弟的覆轍，他找到被恐懼所困而無法摧毀琥珀靈魂石、結果躲進瘋人院的馬略斯。巴爾偽裝成大天使泰瑞爾，欺騙馬略斯交出靈魂石…到手之後便殘忍地結束他的性命。
巴爾從馬略斯的屍身手中取得琥珀靈魂石，親自率領大軍攻擊亞瑞特山北方的土地；孔武有力的野蠻人部族將亞瑞特山視為聖山。他的目標是奪取亞瑞特山，以及座落在山脈巔峰、曾用來創造聖休亞瑞的世界之石。
巴爾的手下蹂躪北方大地，消滅了每一座野蠻人要塞。小城哈洛加斯因為有幾位神秘長者犧牲性命，在家園四周布下防護咒法而倖免於難。
小城唯一存活下的長者尼拉塞克擔心咒法的威力不足以抵擋惡魔的攻勢，於是和毀滅之王進行協議。
惡魔大軍不得傷害哈洛加斯的人民，以換取先祖聖物。這個聖物能讓巴爾不受先祖之靈守護者的干擾進入亞瑞特山。
擊敗迪亞布羅的英雄為了追捕巴爾來到了北方，兩位新成員也加入他們的行列：一位是費斯賈塔的刺客，這個組織專門追捕墮落的法師；另一位是來自斯科斯格倫森林的德魯伊，能掌握自然之力，並且擁有變形為野獸的能力。
這群英雄在泰瑞爾的幫助之下，勇闖慘遭蹂躪的北方大地，突破巴爾軍隊的先鋒部隊來到哈洛加斯。
在城裡，英雄們發現尼拉塞克的計謀，擊敗這位叛變的長老，火速趕往亞瑞特山峰，結果卻發現巴爾已經前往山脈的中心。在他們動身追趕之前，卻不得不耗費寶貴的時間擊敗亞瑞特山的先祖守衛，此時巴爾已在世界之石大殿中展開邪惡的任務。
英雄們在大殿中迎戰毀滅之王，在激烈戰鬥中消滅了他。儘管巴爾在他們面前倒下，但是他已經腐化了世界之石，這將使聖休亞瑞捲入無邊戰火。
大天使泰瑞爾做了決定性的舉動拯救人類，祂將聖劍艾德魯因擲向世界之石，摧毀這個創造聖休亞瑞的源頭。周圍的土地，包括鄰近的野蠻人家園，在世界之石產生的大爆炸中徹底毀滅，凡界遂暴露在天堂與地獄的視野之中。
隨著世界之石毀壞，聖休亞瑞在永恆之戰中的角色也徹底改變。大部分的人忘記早年恐怖的戰爭經歷，就在離之前迪亞布羅潛伏的土地不遠處，興起了新崔斯特姆鎮。
但是迪卡‧凱恩忘不了這些過去。他帶著養女莉亞來到新崔斯特姆，繼續研究當年從教堂裡竄出的惡魔。凱恩相信末日將會再度降臨聖休亞瑞，然而經過二十年來的平安無事，他的警告逐漸被人們拋到腦後…直到天上掉下一顆隕落的流星。
這顆隕星打破崔斯特姆的舊教堂，凱恩掉入隕星造成的巨坑，莉亞前去拯救凱恩。
隕落的流星吸引來自聖休亞瑞各地的英雄，包括
一名在亞瑞特山毀滅下倖存的野蠻人流浪者；受復仇驅使的狩魔獵人；來自伊夫葛洛僧院的武僧；來自安巴魯部族的巫醫，以及來自仙塞島的秘術師。
這些英雄展現超凡的能力，就像是很久以前天使與惡魔的後代涅法雷姆。
英雄答應莉亞的懇求，找到了從隕星衝擊中存活下來、正在對抗因為隕星能量而復活的骷髏怪物的凱恩。調查巨坑之後，他們發現隕星其實是一個人，他只記得隕落在聖休亞瑞的片段記憶。
對於陌生人的真實身分只有一點點線索可以依循：他隱約記得有個不祥的預兆（他認為這個徵兆非常重要），以及當他隕落在聖休亞瑞時碎成數片的寶劍。
凱恩這二十幾年來一直相信新的災難會降臨聖休亞瑞，凱恩認為陌生人帶來的預兆是末世來臨的至要關鍵，並且要涅法雷姆去取回寶劍碎片。
儘管英雄成功取回寶劍碎片，四魔王之一的彼列的教徒瑪格妲卻企圖奪回碎片，並且在從莉亞和英雄手中逃走之前重創凱恩。凱恩修復寶劍，完成了他在聖休亞瑞最後的任務，在莉亞的悲傷注視下離開人世。然而凱恩的犧牲並沒有白費，他修復的寶劍交回陌生人手中之後，揭露出陌生人原來是墜入凡間的天使泰瑞爾。他放棄自己的天使身分來警告人類兩大魔王的降臨。
他們是曾將迪亞布羅與其他罪惡之源逐出烈焰地獄、身為四魔王之列的：「謊言之王」彼列，與「罪惡之王」阿茲莫丹。這兩位魔王將現身於聖休亞瑞，重新展開統治人類的戰爭。
莉亞與泰瑞爾隨著涅法雷姆追捕瑪格妲來到沙漠中的大城，卡爾蒂姆。他們將瑪格妲圍困在惡魔肆虐的奧卡納斯，最後終於報了凱恩的血海深仇。但是瑪格妲臨死前透露了黑暗的真相。
她的主人，謊言之王彼列，藏身在卡爾蒂姆深處，暗地裡操縱那裡的人民。泰瑞爾與莉亞搜索城市的下水道想找出這位魔王的下落，卻只發現彼列的手下與他們的俘虜：愛德莉雅。她竟是莉亞失散多年的母親，當年她曾協助艾丹與他的同伴對抗迪亞布羅。
與惡魔的抗爭迫使愛德莉雅這些年來東躲西藏，不得已將莉亞留在崔斯特姆。雖然母女重逢令她們喜悅，但是愛德莉雅隨即透露她現身在卡爾蒂姆的嚴重性。彼列的手下為了尋找黑靈魂石而捉住她。這個神器能禁錮罪惡之源與四魔王的靈魂，將他們逐出聖休亞瑞。
製造黑靈魂石的是一名赫拉迪姆的叛徒，名為佐頓庫勒，只有他知道靈魂石的下落，可是他幾百年前就過世了。於是愛德莉雅使用魔法，召喚出這名瘋狂巫師的鬼魂，跟他談了一個條件：庫勒願意透露他魔法秘庫的地點，靈魂石就在裡頭…條件是幫助他復活。
庫勒在他的藏身處重生之後，召喚出黑靈魂石，結果發現靈魂石已吸入了五個地獄之王的魂魄。原來愛德莉雅花了二十年的時間找出它們的所在，好讓這些魂魄能在靈魂石完成的時候被吸入其中。
庫勒對這位女巫的意圖起了疑心，他跟涅法雷姆提出交易：幫助他打倒天堂與地獄，之後一起統治聖休亞瑞。英雄拒絕了他的提議，被迫對抗庫勒的禁忌魔法。
拿到黑靈魂石之後，涅法雷姆返回卡爾蒂姆準備囚禁彼列…卻發現城市正遭受惡魔大軍的攻擊。英雄迅速前往皇宮，揭開卡爾蒂姆小皇帝哈坎大帝二世的真面目，原來他是由彼列所扮的假皇帝。
謊言之王在盛怒之下幾乎毀了皇宮以及裡頭的涅法雷姆，不過技高一籌的英雄還是擊敗了彼列，將他囚禁在黑靈魂石裡。
卡爾蒂姆恢復祥和，涅法雷姆接著準備追捕阿茲莫丹，但莉亞卻在夢境中見到了罪惡之王嘲笑他們的幻象。
阿茲莫丹誇耀他對靈魂石的瞭解，並且對於他的惡魔大軍已從亞瑞特巨坑進攻聖休亞瑞狂喜不已。
依傍著亞瑞特山的戍衛要塞原本是為了『防衛野蠻人的威脅』而建造的。但當英雄抵達時，這座要塞已快要淪陷在阿茲莫丹的大軍手中。即使當涅法雷姆阻止阿茲莫丹派遣的攻城獸破壞要塞城牆時，惡魔還是偷偷突破防圍潛入要塞，殺死驚駭的居民，削弱人類的防禦。
英雄們遵照愛德莉雅的指示深入亞瑞特巨坑，摧毀來自罪惡之境、用來強化阿茲莫丹大軍的罪惡之心。
在亞瑞特巨坑的中心，涅法雷姆迎戰罪惡之王，親眼見識到他掌控地獄的可怕力量。阿茲莫丹召喚蘊含惡魔能量的黑暗虛空，在涅法雷姆盡全力對抗魔王的時候，爆裂的屍體不斷從天空落下。
最後，阿茲莫丹跟他的兄弟彼列一樣被擊敗，靈魂囚禁在黑靈魂石裡。
然而，等待凱旋英雄的景像慘不忍睹：在要塞的城牆上，泰瑞爾被秘法鎖鍊綑住，死亡的衛兵鮮血與屍身在莉亞的身邊圍成儀式法陣。當愛德莉亞將黑靈魂石刺進女兒的身體時，她說出可怕的事實：原來她是迪亞布羅的僕人，她和艾丹的女兒莉亞只是迪亞布羅重生的肉身，恐懼之王即將降臨人世。
迪亞布羅立刻佔據莉亞的身心，徹底改變了莉亞。成功令主人重生後，愛德莉亞逃走了。留下遭到背叛而驚駭不已的泰瑞爾與涅法雷姆。
掌控著黑靈魂石的迪亞布羅吸收了墨菲斯托、巴爾與四魔王的靈魂，集烈焰地獄七大魔王的力量與惡謀於一身。
他開啟了通往至高天鑽石之門的傳送門，邁向他最終的目的：徹底毀滅至高天，成為萬惡之源統治地獄。
迪亞布羅以莉亞的形體抵達天堂的鑽石之門。天堂大軍的指揮官，勇天使英普瑞斯一眼便看穿宿敵的化身，逼迪亞布羅現出原形。
迪亞布羅露出恐怖驚駭的真面目，在一場惡戰之後擊敗英普瑞斯，摧毀鑽石之門。儘管惡魔大軍曾多次圍攻天堂，卻從來不曾攻破這座門，直到此刻。當大門倒下時，統領天堂的安傑瑞斯議會的剩餘成員亦在惡魔的攻勢之下潰不成軍。
泰瑞爾與涅法雷姆跟著迪亞布羅穿過傳送門趕來阻止天堂浩劫。他們遇見戰敗受傷的英普瑞斯，他譴責他們造就萬惡之源，並且為至高天帶來毀滅。
迪亞布羅在天堂大開殺戒。地獄最強大、貪婪的惡魔不斷從地獄之門湧出。天使扭曲變形為惡魔。天使軍團陷入絕望。
涅法雷姆一路殺過被惡魔攻克的至高天，尋求命天使伊瑟瑞爾的指引並救出望天使奧莉爾，最後來到水晶聖拱，天堂力量的泉源、所有天使的命脈，在聖拱之巔迎戰迪亞布羅。
吸收兩名兄弟與四魔王的靈魂讓迪亞布羅變得無比強大，他對涅法雷姆釋放無止盡的恐懼，將涅法雷姆帶進扭曲現實的恐懼之境，並喚來致命的雷電與火焰。
但是涅法雷姆卻做到天堂大軍做不到的事，擊敗了迪亞布羅，將他的軀體化為灰燼。
迪亞布羅被消滅後，天使們開始重建家園。
泰瑞爾以凡人之軀成為了智慧的化身，重返安傑瑞斯議會。他知道在接下來的日子裡，這是不可或缺的特質。他努力平撫在迪亞布羅入侵期間天堂散佈的創痛與不信任，並致力化解天使與人類之間的干戈，讓雙方結為真正的盟友…
…然而永恆之戰的陰影依然籠罩著他所期望的光明未來。
迪亞布羅被消滅之後禁錮在黑靈魂石裡。安傑瑞斯議會決定將黑靈魂石交由至高天保管，但是泰瑞爾不放心這樣的做法。於是他從聖休亞瑞各地召集具有超凡能力的人類英雄，封他們為自凱恩死後的新一代赫拉迪姆。泰瑞爾在這群英雄的幫助之下，從至高天偷走黑靈魂石，計畫將它藏在現已傾頹的城市寇佛斯底下。
同時，還有一位古老的天使暗中觀察泰瑞爾的舉動。過去曾是智天使的瑪瑟爾，如今已被造物的神秘折磨得面目全非。祂拋下同儕，前去追尋靈魂的本質，在這個過程中轉變為死亡的化身。
涅法雷姆擊敗了三大罪惡之源後，瑪瑟爾決定除掉所有的惡魔後裔，包括流有惡魔之血的人類在內，來結束永恆之戰。於是祂對新赫拉迪姆展開攻擊，奪走黑靈魂石。瑪瑟爾麾下的墮落天使與不死怪物組成奪魂者部隊，開始屠殺衛斯馬屈的居民，大規模收集靈魂。每多了一個人類的靈魂，瑪瑟爾的力量就變得更加強大。
另一方面，瑪瑟爾偷偷將黑靈魂石藏在另一個地方：永恆之戰的前線，混沌界要塞。瑪瑟爾在這裡重塑黑靈魂石，打算用來吞噬聖休亞瑞中所有的惡魔精華。
在信仰撒卡蘭姆的聖教軍幫助下，涅法雷姆與瑪瑟爾展開正面對決。在戰鬥過程中，瑪瑟爾將黑靈魂石裂為碎片，吸收三大罪惡之源的靈魂精華，結合地獄與死亡的力量來毀滅這場戰局。經過一番激戰，涅法雷姆合力擊敗歿天使。瑪瑟爾灰飛煙滅，釋放出祂吸收的所有靈魂，包括迪亞布羅。
…現在泰瑞爾擔心的是，這些讓至高天與地獄都淪為手下敗將的涅法雷姆，有一天會不會跟這位大天使一樣走上歧途。
